신청은 해당 읍·면사무소에서 가능하고 친환경농업 인증을 받은 밭 농가 가운데 1ha당 유기 120만원, 무농약 100만원, 저농약 52만4000원을 지원받는다. 논 농가의 경우 1ha당 유기 60만원, 무농약 40만원, 저농약 21만7000원의 직불금을 받을 수 있다.
농가당 지급 한도 면적은 0.1ha에서 5.0ha까지이며 친환경농산물을 계속해 생산하는 경우 최초 지급 연도로부터 필지별로 3년간만 지급하고 유기농의 경우에는 5년간 지급한다.
또 사업대상자로 선정된 농업인이 사망 등 불가피한 사유로 사업대상자를 변경할 경우 변경된 사유가 발생한 날부터 30일 내 해당 읍면사무소에 변경신청서를 제출해야 한다.
사업대상자로 선정된 농업인은 인증기관의 이행점검(5월~10월)을 거쳐 적격으로 통보받은 농업인에 대해 오는 12월에 보조금을 지급한다.