부가가치세의 경우 해당 매출일이 속한 분기로부터 25일 이내에 납부해야 하지만 매출대금이 회수되기까지 3∼6개월 소요되는 것이 자금운영에 애로요인이 되고 있다.
대한상의는 "자금력이 취약한 중소기업들은 부가가치세를 일시에 납부하기 위해 차입을 해야 하는 실정"이라면서 "법인세나 소득세와 마찬가지로 부가가치세도 신고후 45일 이내에 나눠서 낼 수 있도록 해야 한다"고 주장했다.
이어 연구개발 관련 세제의 개편도 건의하며 "R&D 비용에 대해 고정비율(5%)만큼 세액공제를 해주는 제도를 부활해 줄 것"을 요청했다.