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이번 칼럼에서는 기업이 존속하는 한 중요한 R&D투자 중 연구원등에게 지급되는 연구보조비 또는 수당에 대한 근로소득비과세 규정을 검토 해보고자 한다.

근로자가 사용자로부터 근로제공의 대가로 지급받는 기술수당･연구수당, 그 밖에 이와 유사한 성질의 급여는 과세대상 근로소득에 해당한다(소령38①8).

다만, 법소정의 자가 규정 등에 따라 지급받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액은 소득세법상 실비변상적 급여에 해당되어 비과세대상 근로소득에 포함된다(소령12조12호).

◎ 연구수당에 대한 비과세 적용대상자는 다음과 같다.

(1) 학교의 교원

'유아교육법', '초･중등교육법' 및 '고등교육법'에 따른 학교 및 이에 준하는 학교(특별법에 따른 교육기관을 포함)의 교원

◇ 각종 교육법상 교원의 구분

(2) 특정연구기관 등의 연구활동 관련 종사자

① 대상연구기관

㉠ ｢특정연구기관육성법｣의 적용을 받는 연구기관

㉡ 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관

㉢｢지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 지방자치단체출연 연구원

② 연구활동 관련 종사자

㉠연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자)

연구활동에 직접 종사하는 자(전문대학 졸업 이상의 학력을 가진 자에 한함)는 연구부서(연구전담팀 포함)의 구성원 중 연구업무 외에 다른 업무를 병행하지 않고 연구활동만을 수행하는자를 말하므로, 연구부서의 관리･기획･지원･보조업무를 담당하는 자는 이에 해당하지 아니한다(서면1팀-207, 2005.02.15.; 법인46013-435, 1999.02.02.).

㉡연구활동을 직접적으로 지원하는 자

연구활동을 직접적으로 지원하는 자는 상기 대상연구기관에서 연구활동을 직접적으로 지원하는 자를 말하나 다음의 자는 제외한다.

ⓐ 연구활동에 직접 종사하는 자(∵ ② ㉠에서 비과세규정 적용됨)

ⓑ 건물의 방호･유지･보수･청소 등 건물의 일상적 관리에 종사하는 자

ⓒ 식사제공 및 차량의 운전에 종사하는 자

(3) 중소기업 등의 기업부설연구소 직접종사자

'기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령' 제16조의2제1항제1호 또는 제3호의 기준을 충족하여 '기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률' 제14조의2제1항에 따라 인정받은 중소기업 또는 벤처기업의 기업부설연구소와 같은 항에 따라 설치하는 연구개발전담부서(중소기업 또는 벤처기업에 설치하는 것으로 한정)에서 연구활동에 직접 종사하는 자를 말한다.

여기서, 연구활동에 직접 종사하는 자(전문대학 졸업 이상의 학력을 가진 자에 한함)는 대학교원에 준하는 자격을 가진 자로서 연구부서(연구전담팀 포함)의 구성원 중 연구업무 외에 다른 업무를 병행하지 않고 연구활동 만을 수행하는 자를 말하므로, 연구부서의 관리･기획･지원･보조업무를 담당하는 자는 이에 해당하지 아니한다(서면1팀-207, 2005.02.15.; 법인46013- 435, 1999.02.02.).

▷기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준)

① 법 제14조의2제1항에서 “연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관”이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. <개정 2017.7.26.. 2020. 3. 3.>

1.'중소기업기본법'제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관: 5명 이상. 다만, '중소기업기본법 시행령'제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설 연구기관: 5명 이상

3.제1호에도 불구하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 과학기술 분야 연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 '벤처기업육성에 관한 특별조치법' 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설 연구기관: 2명 이상

4.'중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법' 제2조제1호에 따른 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관: 7명 이상

5. 그 밖의 기업부설 연구기관: 10명 이상

▷ 학교의 교원

∙ 실비변상적 성질의 급여로서 비과세되는 연구보조비 및 연구활동비는 고등교육법에 따른 교원이 연구보조비 지급규정 등에 따라 연구활동 또는 보조를 위하여 지급받는 금액을 의미함(원천-314, 2010.04.15.).

∙ '초･중등 교육법'에 따른 교육기관이 학생들로부터 받은 방과후학교 수업료를 교원에게 수업시간당 일정금액으로 지급하는 금액은 연구보조를 위하여 지급하는 것으로 볼 수 없으므로 근로소득세 비과세대상 연구보조금에 해당하지 않음(재소득-484, 2007.08.31.).

∙ 비과세되는 연구보조비는 교육법에 의한 교육기관(대학･전문대학 및 이에 준하는 학교는 제외)의 육성회가 자기책임하에 교원에게 지급하는 연구보조비를 말하며, 육성회가 학교 등을 대리하여 위탁지급하거나 대리지급하는 것은 제외하고, 육성회가 없는 교육기관이라면 교원이 국고나 학교재단으로부터 지급받는 연구보조비(교과지도비･보전수당･가산금 포함)를 포함(서면1팀-425, 2006.04.03.; 법인46013-534, 1999.02.09.).
 

▷연구기관 등 종사자

∙정부출연연구기관의 연구원이 외부기관 등에 파견근무하거나, 연구전담팀에서 관리･지원･보조업무를 담당하는 자의 연구활동비는 연구활동 직접 종사자로 볼수 없으므로 비과세규정이 적용되지 않는다(국심2000중2, 2000.10.11.).

∙“연구활동에 직접 종사하는 자”라 함은, 팀구성원(위촉연구원 포함함)이 소속부서의 담당업무와 당해 팀의 연구업무를 병행하여 수행하는 “비전담팀”은 이에 해당하지 아니하고 “전담팀”의 경우에도 팀의 관리･기획･지원･보조업무를 담당하는 자는 “연구활동에 직접 종사하는 자”에 해당하지 아니하는 것임(법인46013-435, 1999.02.02.).

∙비과세대상이 되는 연구활동비에는 당해 연구기관의 연구활동비 지급규정에 의하여 지급되는 것으로서 연구활동에 직접 소요되는 비용에 대한 보조비인 연구활동비 및 연구성과에 대한 직접 보상비용으로 지급되는 성과급･능률급 등의 연구활동비가 포함되는 것이나 일반적인 수당성격의 급여인 자가운전비, 효도휴가비, 통근비, 월동보조비 등은 동 규정에 의한 연구활동비로 볼 수 없는 것임(재소득46073-204, 1996.12.24.).

∙연구활동을 직접적으로 지원하는 자에는 연구기관의 행정부서 직원도 포함됨(소득세집행기준12-12-7).

               <약력>

서울벤처정보대학원 경영학 박사

서울벤처정보대학원 경영학 석사

중앙대학교 무역학과

세무법인 한백택스 대표

(사)청년지식융합협회 이사

㈜굿위드연구소 자문 세무사

CFO 아카데미 연말정산 센터장

대한상공회의소 생산성본부 강사

굿위드아카데미 세무 강사

서울시 조세담당위원, 조세일보 객원 기자

대한상공회의소 CEO IT 경영자문위원

서울지방세무사회 연수위원

충청일보 ‘경제야 놀자’ 연재